济南铁路运输两级法院先后经历了1955年设立、1957年撤销以及1980年重建。2012年，铁路法院整体转制移交，现归属山东省委、山东省高级人民法院管理。

济南铁路运输中级法院下辖济南铁路运输法院、青岛铁路运输法院两个基层法院，共有干警146人，员额法官49人。其中，铁路中院现员60人，员额法官20人；济南铁路运输法院现员47人，员额法官16人；青岛铁路运输法院现员39人，员额法官13人。

2019年跨域审判改革以来，铁路法院管辖范围不断延展，目前主要受理以下案件：

1.行政案件：2019年10月1日，经最高人民法院批复、省法院指定，铁路法院开始跨行政区域受理济南、青岛的部分行政案件，其中济南铁路运输法院受理以济南市10区、2县、2管理委员会为被告的行政案件，青岛铁路运输法院可以根据当事人的选择，受理应由青岛市基层法院管辖的第一审行政诉讼案件。铁路中院受理不服两基层法院上诉的行政二审案件。

2.民商事案件：与铁路运输有关的涉及铁路运输、安全、财产的民商事案件，部分约定管辖的金融案件。2019年5月16日起，经最高人民法院指定，受理以恒丰银行及其分支机构为被告或第三人除劳动争议案件以外的民商事诉讼案件。

3.环境资源案件：2021年1月，经最高院批复、省法院指定，开始集中管辖全省部分环境资源案件，包括环境民事、行政公益诉讼案件、生态环境损害赔偿诉讼案件等。

4.刑事案件：发生在原济南铁路局辖区内的一审、二审刑事案件。省法院指定管辖的职务犯罪案件等。

5.执行案件：负责本院生效的一审民商事案件、环境资源案件的执行以及刑事案件涉财产执行。根据省法院批复，受理申请执行人自愿向铁路运输法院申请执行山东省行政区域内公证机关赋予强制执行效力的公证债权文书案件。